分析：根据金属和大多数固态非金属单质、稀有气体单质等由原子构成，有些物质是由分子构成的，如气态非金属单质等，进行分析判断即可．
解答：解：A、硅属于固态非金属单质，是由硅原子直接构成的，故选项错误．
B、镁属于金属单质，是由镁原子直接构成的，故选项错误．
C、氮分子能直接构成氮气，氮气属于单质；氮分子能直接构成单质，故选项错误．
D、氧原子能构成氧分子，氧分子大量聚集成氧气；氧原子不能直接构成物质，故选项正确．
故选D．
点评：本题难度不大，主要考查了构成物质的微观粒子方面的知识，掌握常见物质的粒子构成是正确解答本题的关键．
