分析：A、根据原子质量主要集中在原子核上考虑；B、根据分子的定义考虑；C、根据分子和原子不能比较大小考虑；D、根据离子是带电荷的原子或原子团考虑．
解答：解：A、原子质量主要集中在原子核上，所以决定原子质量大小的主要是质子和中子，故A错；
B、分子是保持物质化学性质的最小粒子；
C、有的物质的分子比有的物质的原子大，有的物质的原子比有的物质的分子大，所以分子和原子不能比较大小，故C错；
D、离子是带电荷的原子或原子团，原子如果得到或失去电子就带了电荷变成离子了，故D正确．
故选D．
点评：解答本题关键是要知道原子质量主要集中在原子核上，知道分子是保持物质化学性质的最小粒子，熟悉离子的概念．
