分析:A、根据原子质量主要集中在原子核上考虑;B、根据分子的定义考虑;C、根据分子和原子不能比较大小考虑;D、根据离子是带电荷的原子或原子团考虑.
解答:解:A、原子质量主要集中在原子核上,所以决定原子质量大小的主要是质子和中子,故A错;
B、分子是保持物质化学性质的最小粒子;
C、有的物质的分子比有的物质的原子大,有的物质的原子比有的物质的分子大,所以分子和原子不能比较大小,故C错;
D、离子是带电荷的原子或原子团,原子如果得到或失去电子就带了电荷变成离子了,故D正确.
故选D.
点评:解答本题关键是要知道原子质量主要集中在原子核上,知道分子是保持物质化学性质的最小粒子,熟悉离子的概念.