分析：A、根据分子和原子的特点考虑；B、根据物质的构成微粒考虑；C、根据保持物质化学性质的粒子考虑；D、根据分子和原子的区别考虑．
解答：解：A、分子和原子都在不断运动，故A错；
B、构成物质的基本微粒有分子、原子、离子，这三种微粒都可以直接构成物质，故B错；
C、由分子构成的物质，保持物质化学性质的最小微粒是分子，由原子直接构成的物质，保持物质化学性质的微粒，就是原子，故C错；
D、在化学变化中分子分成原子，原子再重新组合成新的分子，故D正确．
故选D．
点评：解答本题关键是要知道分子和原子的特点，区别，了解构成物质的基本粒子．
