分析：A、根据分子、原子的定义来解答该题；
B、原子失去电子后带正电荷；
C、原子和离子相互转化时质子数不变；
D、构成物质的基本微粒有分子、原子和离子．
解答：解：A、原子是化学变化中的最小粒子，分子的保持物质化学性质的一种粒子；故A错误；
B、原子失去电子后带上正电荷，变成阳离子，故B错误；
C、钠原子的质子数等于钠离子的质子数，因为原子变成离子后质子数不变，故C错误；
D、分子、原子和离子都可以直接构成物质，它们是构成物质的三种基本微粒，故D正确．
故选D．
点评：熟练掌握分子、原子的定义及性质，能够运用分子的性质来解释常见的现象，知道构成物质的基本微粒有：分子、原子和离子．
