C
分析：A、根据原子的构成进行分析．
B、由分子的概念可知，分子的保持物质化学性质的一种粒子，水是由水分子构成的，据此分析判断即可．
C、从构成物质的微粒进行分析判断；
D、根据分子与原子间的关系进行分析．
解答：A、原子由原子核和核外电子构成，所以原子不是最小的微粒．故本选项错误；
B、分子是保持物质化学性质的最小粒子，水是由水分子构成的，所以能保持水的化学性质的最小粒子是水分子．故本选项错误；
C、从微观角度分析，物质都是由微粒构成的，水是由水分子构成，铜是由铜原子构成．故本选项正确；
D、一个水分子由两个氢原子和一个氧原子构成的．故本选项错误．
故选C．
点评：本题很简单，考查分子定义的理解应用，准确把握、理解分子的概念并能灵活运用是解题的关键．
