分析：根据分子和原子的有关知识解答．分子是保持物质化学性质的最小微粒，原子是化学变化中的最小微粒；
解答：解：A、原子是由原子核和核外电子构成，原子核是由质子和中子构成的．故A错误；
B、水是由水分子构成的，由分子构成的物质，其化学性质是由分子来保持的．故B错误；
C、分子的质量比构成它的原子的质量大，而不同种分子和原子无法比较大小，故C错误；
D、构成物质的微粒有分子、原子和离子，故D说法正确．
故选D．
点评：注意分子和原子都是构成物质的微粒，其基本性质是相同的，不同种分子和原子不能比较大小．
