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分析:生物进化的证据有化石证据、比较解剖学上的证据、胚胎学上的证据等,化石是指保存在岩层中地质历史时期的古生物遗物和生活遗迹.在漫长的地质年代里,地球上曾经生活过无数的生物,这些生物死亡后的遗体或是生活时遗留下来的痕迹,许多被当时的泥沙掩埋起来.在随后的岁月中,这些生物遗体中的有机物质分解殆尽,坚硬的部分如外壳、骨骼、枝叶等与包围在周围的沉积物一起经过石化变成了石头,但是他们原来的形态、结构(甚至一些细微的内部构造)依然保留着.同样,哪些生物生活时留下来的痕迹也可以这样保留下来.我们把这些石化的生物遗体、遗迹就称为化石.
解答:化石是保存在岩层中的古生物遗物和生活遗迹.直接说明了古生物的结构或生活习性.因此化石是研究生物进化最重要的、最直接的证据.化石在地层中出现的先后顺序,说明了生物是由简单到复杂、由低等到高等、由水生到陆生逐渐进化而来的,始祖鸟化石说明了鸟类是由古代的爬行动物进化来的等.故研究生物进化最直接、最主要的证据是化石.
故选:A.
点评:理解化石的形成和分布规律是解答的关键.