解:(1)由y=0得,ax
2-2ax-3a=0,
∵a≠0,
∴x
2-2x-3=0,
解得x
1=-1,x
2=3,
∴点A的坐标(-1,0),点B的坐标(3,0);
(2)由y=ax
2-2ax-3a,令x=0,得y=-3a,
∴C(0,-3a),
又∵y=ax
2-2ax-3a=a(x-1)
2-4a,
得D(1,-4a),
∴DH=1,CH=-4a-(-3a)=-a,
∴-a=1,
∴a=-1,
∴C(0,3),D(1,4),
设直线CD的解析式为y=kx+b,把C、D两点的坐标代入得,

,
解得

,
∴直线CD的解析式为y=x+3;
(3)存在.

由(2)得,E(-3,0),
∵点B的坐标(3,0),N是线段OB的中点,
∴N(

,0)
∴F(

,

),EN=

,
作MQ⊥CD于Q,
设存在满足条件的点M(

,m),则FM=

-m,
EF=

=

,MQ=OM=

由题意得:Rt△FQM∽Rt△FNE,
∴

=

,
即

=

,
∴2(

+m
2)=(

-m)
2,
整理得4m
2+36m-63=0,
∴m
2+9m=

,
m
2+9m+

=

+

(m+

)
2=

m+

=±

∴m
1=

,m
2=-

,
∴点M的坐标为M
1(

,

),M
2(

,-

).
分析:(1)令y=0求得x的值,从而得出点A、B的坐标;
(2)令x=0,则y=-3a,求得点C、D的坐标,设直线CD的解析式为y=kx+b,把C、D两点的坐标代入,求出直线CD的解析式;
(3)设存在,作MQ⊥CD于Q,由Rt△FQM∽Rt△FNE,得

=

,及可得出关于m的一元二次方程,求出方程的解,即可得出点M的坐标.
点评:本题是二次函数的综合题型,其中涉及的知识点有一元二次方程的解法.在求有关存在不存在问题时要注意先假设存在,再讨论结果.