解:(1)当x=0时,y=6,
∴C(0,6),
当y=0时,x=-3,
∴A(-3,0),
∵抛物线y=-x
2+bx+c经过点A、C,
∴

,
解得:

.
∴抛物线的解析式为y=-x
2-x+6,
当y=0时,整理得x
2+x-6=0,

解得:x
1=2,x
2=-3,
∴点B(2,0).
(2)过点B作BD⊥AC,D为垂足,
∵S
△ABP:S
△BPC=1:3,
∴

=

,
∴AP:PC=1:3
由勾股定理,得AC=


当点P为线段AC上一点时,过点P作PH⊥x轴,点H为垂足,
∴

∴PH=

,
∴

=2x+6,
∴x=-

,
∴点P(

,

)
当点P在CA延长线时,作PG⊥x轴,点G为垂足
∵AP:PC=1:3

∴AP:AC=1:2,
∴

,
∴PG=3,
∴-3=2x+6

,
∴点P(

,-3).
(3)存在a的值,使得∠MON=90°,
设直线y=

x+a与抛物线y=-x
2-x+6的交点为M(x
M,y
M),N(x
N,y
N)(M在N左侧)
则

为方程组

的解
分别过点M、N作MM’⊥x轴,NN′⊥x轴,点M、N为垂足.

∴M′(x
M,0),N′(x
N,0),
∴OM′=-x
MON′=x
N∵∠MON=90°,
∴∠MOM′+∠NON′=90°,
∵∠M′MO+∠MOM′=90°,
∴∠M’MO=∠NON’
∴Rt△MM′O∽Rt△ON′N,
∴

,
∴MM′•NN′=ON′•OM′,
∴-x
M•x
N=y
M•y,
由方程组消去y整理,得:x
2+

x+a-6=0.
∴x
M、x
N是方程x
2+

x+a-6=0的两个根,
由根与系数关系得,x
M+x
N=

,x
M•x
N=a-6
又∵y
M•y
N=(

x
M+a)(

x
N+a)=

x
M•x
N+

(x
M+x
N)+a
2=

(a-6)-

a+a
2∴-(a-6)=

(a-6)-

a+a
2,
整理,得2a
2+a-15=0
解得a
1=-3,a
2=

∴存在a值,使得∠MON=90°,其值为a=-3或a=

.
分析:(1)先根据直线的解析式求出A、C的坐标,然后将A、C的坐标代入抛物线中即可求出抛物线的解析式,进而可根据抛物线的解析式求出B点的坐标.
(2)根据等高三角形的面积比等于底边比,因此两三角形的面积比实际是AP:PC=1:3,即3AP=PC,可先求出AC的长,然后分情况讨论:
①当P在线段AC上时,AP+PC=AC,3AP=PC,据此可求出AP的长,然后根据∠CAB的三角函数值或通过构建相似三角形可求出P点的坐标.
②当P在CA的延长线上时,CP-AP=AC,3AP=PC,据此可求出AP的长,后面同①.
(3)可联立两函数的解析式,求出M、N的坐标,过M、N作x轴的垂线设垂足为M′、N′,由于∠MON=90°,因此可得出△MM′O与△N′NO相似,可得出M、N两点的横、纵坐标的绝对值对应成比例,据此可求出a的值.(也可用坐标系的两点间的距离公式,根据勾股定理来求解.)
点评:本题着重考查了待定系数法求二次函数解析式、图形面积的计算方法、三角形相似、函数图象交点等重要知识点,综合性强,能力要求较高.考查学生分类讨论,数形结合的数学思想方法.