解:(1)∵点M是线段B、D的中点,B(3,1),D(1,3),
∴点M的横坐标为:

=2,点M的纵坐标为:

=2,
∴点M的坐标为(2,2),
∵四边形ABCD是正方形,
∴点B与点C的横坐标相同,点C与点D的纵坐标相同即可求出C点坐标;
∴点C的坐标为(3,3);
(2)设直线BD的解析式为y=kx+b,
∵B(3,1),D(1,3)在直线BD上,
∴

,解得

.
∴直线BD的解析式为y=-x+4;
(3)PQ∥BD.理由如下:
∵反比例函数

的图象经过M(2,2),
∴

,解得m=4.
∴反比例函数的解析式为

.
∵反比例函数

的图象与BC交于点P,
∴点P的横坐标为3,当x=3时,

.
∴点P的坐标为(3,

).
同理点Q的坐标为(

,3).
∴CP=CQ=

.
∴∠CPQ=45°.
又∵∠CBD=45°,
∴∠CPQ=∠CBD.
∴PQ∥BD.
分析:(1)直接根据中点坐标公式即可求出点M的坐标;再根据点B与点C的横坐标相同,点C与点D的纵坐标相同即可求出C点坐标;
(2)设直线BD的解析式为y=kx+b,由已知B(3,1),D(1,3),再把B、D两点的坐标代入即可求出k、b的值,进而得出结论;
(3)先根据反比例函数y=

过点M(2,2)可求出m的值,由此可求出点P、Q两点的坐标,故可得出CP=CQ=

,即∠CPQ=45°,再由直线BD是正方形ABCD的对角线可知∠CBD=45°,故∠CPQ=∠CBD,进而可得出结论.
点评:本题考查的是反比例函数综合题,涉及到正方形的性质、用待定系数法求一次函数及反比例函数的解析式等知识,难度适中.