解:(1)第四天,共有1+10+100+1000=1111只鸡得了禽流感;
第五天,共有1111+10000=11111只鸡得了禽流感,
那么到了第六天将会有十多万只鸡会得禽流感,而养殖场有4万只鸡,
所以到第六天,所有的鸡都会感染禽流感;
(2)如图,过O作OE⊥AB于E,

OA=5千米,OC=3千米,OE=1千米,
由作法得,CE=DE,AE=BE,
在Rt△OCE中,CE=

=2

,
∴CD=2CE=4

,
在Rt△OAE中,AE=

=2

,
∴AB=2AE=4

,
∴AB-CD=4(

-

)千米.
答:这条公路在该免疫区内有4(

-

)千米.
分析:(1)根据规律得到第四天,共有1+10+100+1000=1111只鸡得了禽流感;第五天,共有1111+10000=11111只鸡得了禽流感,那么到了第六天将会有十多万只鸡会得禽流感,即可得到所有的鸡都会感染禽流感的时间.
(2)如图,过O作OE⊥AB于E,OA=5千米,OC=3千米,OE=1千米,则CE=DE,AE=BE,在Rt△OCE中,利用勾股定理得到CE=2

,
即有CD=4

,同样可得AB=4

,则AB-CD=4(

-

)千米为所求.
点评:本题考查了垂径定理:垂直于弦的直径平分弦,并且平分弦所对的弧.也考查了勾股定理.