解:(1)由题意知:BD=5,BQ=t,QC=4-t,DP=t,BP=5-t,
∵PQ⊥BC,
∴△BPQ∽△BDC,
∴

即

,
∴

,
当

时,PQ⊥BC;
(2)过点P作PM⊥BC,垂足为M,
∴△BPM∽△BDC,

∴

,
∴

,
∴


=-

(t-

)
2+

,
∴当

时,S有最大值

;
(3)①当BP=BQ时,5-t=t,
∴

②当BQ=PQ时,作QE⊥BD,垂足为E,此时,BE=


∴△BQE∽△BDC
∴

即

∴

③当BP=PQ时,作PF⊥BC,垂足为F,此时,BF=

∴△BPF∽△BDC
∴

即

∴

∴

,

,

,均使△PBQ为等腰三角形.
分析:(1)由已知可以求出BD的值,因为PQ⊥BC,所以△BPQ∽△BDC,根据三角形相似得到三角形的边长比,根据边长比可得一个关于t的一元一次方程,解此方程可得t的值;
(2)过点P作PM⊥BC,垂足为M,从而得到△BPM∽△BDC,根据相似比例求出PM的长,可以得到用t表示面积的函数解析式,再求最大值;
(3)分三种情况讨论三角形PBQ为等腰三角形,即BP=BQ,BQ=PQ和BP=PQ,再分别求t的值.
点评:本题主要考查相似三角形的判定和性质,其中涉及解一元一次方程和等腰三角形的相关性质.