解:(1)若运往A厂x吨,则运往B厂为(1000﹣x)吨.
依题意得:y=200×0.45x+150×a×(1000﹣x)
=90x﹣150ax+150000a,
=(90﹣150a)x+150000a.
依题意得:
解得:200≤x≤600.
∴函数关系式为y=(90﹣150a)x+150000a,(200≤x≤600).
(2)当0<a<0.6时,90﹣150a>0,
∴当x=200时,y
最小=(90﹣150a)×200+150000a=120000a+18000.
此时,1000﹣x=1000﹣200=800.
当a>0.6时,90﹣150a<0,又因为运往A厂总吨数不超过600吨,
∴当x=600时,y
最小=(90﹣150a)×600+150000a=60000a+54000.
此时,1000﹣x=1000﹣600=400.
答:当0<a<0.6时,运往A厂200吨,B厂800吨时,总运费最低,最低运费120000a+18000元.
当a>0.6时,运往A厂600吨,B厂400吨时,总运费最低,最低运费60000a+54000.