解:(1)9.
(2)0,6

(3)当正方形ABCD停止运动后,正方形EFGH继续向左平移时,与正方形ABCD重叠部分的形状也是正方形.
重叠部分的面积y与x之间的函数关系应分四种情况:
①如图1,当0≤x<4时,
∵EA=x,
∴y与x之间的函数关系式为y=

.
②如图2,当4≤x<8时,y与x之间的函数关系式为y=(2

)
2=8.
③如图3,当8≤x<12时,
∵CG=12-x,
∴y与x之间的函数关系式为y=

=

x
2-12x+72.
④当x≥12时,y与x之间的函数关系式为y=0.
分析:(1)开始运动前Q
1O
2=O
1M+ME+O
2E,O
1M=

AD=2

,O
2E=

EH=2,因此O
1O
2=9.
(2)当运动3秒后,A在直线l上,O
1A=

AD=4,O
1E=7-3=4,因此O
1E=O
1A,A、E重合,即AE=0.
O
1O
2=O
1A+O
2E=4+2=6.
(3)本题要分四种情况:
①当0≤x<4时,图1,重合的小正方形对角线AE=x,因此y=

x
2.
②当4≤x<8时,图2,正方形EFGH在正方形ABCD内部,重合部分的面积就是正方形EFGH的面积.
③当8≤x<12时,图3,参照①的解法.
④当x≥12时,此时两正方形不重合,因此y=0.
点评:本题为运动性问题,考查了正方形的性质、图形的旋转、二次函数的应用等知识.综合性强,考查学生分类讨论,数形结合的数学思想方法.