解:(1)根据题意,得AP=2tcm,BQ=tcm,
∵AB=6cm,
∴BP=(6-2t) cm,
若△PBQ是直角三角形,则∠BQP=90°或∠BPQ=90°,
①当∠BQP=90°时,∵∠B=60°,
∴∠BPQ=90°-60°=30°,
∴BQ=

BP,
即t=

(6-2t),
解得t=

(秒).
②当∠BPQ=90°时,∵∠B=60°,
∴∠BQP=90°-60°=30°,
∴BP=

BQ,
即6-2t=

t,
解得t=

(秒),
答:当t=

秒或t=

秒时,△PBQ是直角三角形;
(2)过P作PM⊥BC于M,
则Rt△PBM中,sinB=

,

∴PM=PB•sin60°=

(6-2t)=

(3-t),
S
△PBQ=

BQ•PM=

t•

(3-t),
过A作AN⊥BC于N,
则Rt△ABN中,sinB=

,
∴AN=AB•sin60°=6×

=3

,
∴S
△ABC=

BC•AN=

×4×3

=6

,
∴y=S
△ABC-S
△PBQ=6

-

t•

(3-t)=

t
2-

t+6

,
∴y与x之间的函数关系式为y=

t
2-

t+6

,
又∵y=

t
2-

t+6

=

(t-

)
2+

,
∴当t=

时,即AP=2t=3(cm),点P运动到边AB的中点时,四边形APQC的面积最小,其最小面积为

.
分析:(1)用t表示出AP、BQ、BP,然后分①∠BQP=90°,②∠BPQ=90°两种情况,根据直角三角形30°角所对的直角边等于斜边的一半列式计算即可得解;
(2)过P作PM⊥BC于M,求出PM的长度,然后表示出△PBQ的面积,在过点A作AN⊥BC于N,然后求出AN的长度,再求出△ABC的面积,然后根据S
四边形APQC=S
△ABC-S
△PBQ整理即可得到y与t的函数关系式,再根据二次函数的最值问题求出t的值,即可得到点P得到位置.
点评:本题考查了二次函数综合题型,主要利用了直角三角形斜边上的中线等于斜边的一半的性质,二次函数的最值问题,解直角三角形,(1)要注意分情况讨论,(2)根据四边形APQC的面积等于两个三角形的面积的差列式是解题的关键,也是常用的方法之一.