根据分子、原子都是构成物质的微粒，而元素是指具有相同核电荷数的一类原子的总称，是一宏观概念，以游离态存在的钙应该是金属钙单质进行解答；

解答：

解：A、钙原子构成金属钙，金属钙是一种非常活泼的金属，不可能存在于物质中，故A错误．

B、物质是由元素组成的，元素是所有具有相同核电荷数的一类原子的总称，所以习惯上某物质中组成一般指“元素”．

C、分子是保持物质化学性质的最小微粒，而CaCO₃和磷酸氢钙（CaHPO₄）并不具备钙分子，理论上也没有钙分子的，所以C错误；

D、以游离态存在的钙应该是金属钙单质，金属钙是一种非常活泼的金属，不可能以游离态存在，故D错误；

故选B