分析：分子和原子的本质区别是在化学变化中，分子可以分成原子，而原子不能再分；分子和原子的联系是：分子和原子都可以直接构成物质，而且一切分子都是有原子构成的．
解答：解：A、虽然分子是由原子构成的，但分子不一定比原子大，故A错误；
B、分子和原子都是构成物质的粒子，都在不停的运动着，故B错误；
C、分子和原子都可以构成物质，故C错误；
D、分子和原子的本质区别就是在化学变化中，分子可以分成原子，而原子不能再分，故D正确；
故选D．
点评：本题难度不大，主要考查了分子和原子的本质区别和联系，从而培养学生对知识的理解和应用．
