解:(1)∵点P的运动时间为t秒,点P从点A开始沿AB边向点B以1厘米/秒的速度移动,
∴PA=t(cm),
∴PB=AB-PA=6-t(cm);
(2)∵BQ=2t(cm),PB=(6-t)cm,
∴S
△PBQ=

PB•BQ=

×(6-t)×2t=9,
解得:t
1=t
2=3;

(3)∵当△PBQ∽△ABC时,

,
即

,t=3;
当△PBQ∽△CBA时,

,
即

,t=

;
∴当△PBQ与△ABC相似时,t的值为:3或

.
(4)∵∠BPQ是公共角,∠PBE<∠PBQ,
∴△PBQ∽△PEB,
∴BE⊥BD,
∴△PEB∽△DAB,
∴△PBQ∽△DAB,
∴

,
即

,t=

.
∴△PBQ与△PBE相似时t的值为:

.
分析:(1)由已知可得PA=t,则可用含t的代数式表示PB的长.
(2)首先根据题意表示出PB与BQ的长,继而由△PBQ的面积等于9平方厘米,可求得t的值.
(3)分别从当△PBQ∽△ABC时与当△PBQ∽△CBA时,根据相似三角形的对应边成比例,即可求得答案;
(4)易得△PBQ∽△PEB,可得BE⊥BD,即可得△PEB∽△DAB,继而证得△PBQ∽△DAB,然后由相似三角形的对应边成比例,求得答案.
点评:此题考查了相似三角形的判定与性质以及矩形的性质.此题难度适中,注意掌握方程思想与数形结合思想的应用.