解:(1)∵PE⊥BC,∠BAC=90°,

∴∠PEB=∠BAC,
∵∠B=∠B,
∴△BPE∽△ABC,
∴

即

,
∴PE=

,
∴y=S
△BEP=

BE•PE=

•

=

,
即y=

.
在Rt△ABC中,∠BAC=90,AD⊥BC
∵AB=4,AC=3,
∴BC=5,BD=

,DC=

,
∵0≤BE≤DC,
∴0≤x≤

.
答:y关于x的函数解析式是y=

x
2,自变量x的取值范围是0≤x≤

.
(2)有可能.
当四边形PEFQ是矩形时,有PE=QF,
由已知得PE=

,
与求PE类似可求出QF=

,
∴

=

,
解得x=

,
∴当x=

时,四边形PEFQ是矩形.
(3)分2种情形:

当∠APQ=∠B时,△APQ∽△ABC,
且四边形PEFQ是矩形,此时x=

,
当∠APQ=∠C时,
由三角形面积公式得:

×AC×AB=

BC×AD,
AC=3,AB=4,BC=5,
∴AD=

,
在Rt△ADB中,AB=4,AD=

,由勾股定理得:BD=

,
∴EF=BD=

,
∴CF=5-x-

=

-x,
cos∠C=

=

,
CQ=

CF=

(

-x)=3-

x,
∴AQ=3-(3-

x)=

x,
∵△AQP∽△ABC,
∴

,
即

=

,
解得 x=

,
∴当x=

或

时,以A,P,Q为顶点的三角形与△ABC相似.
分析:(1)证△BPE∽△ABC,得到比例式

,代入求出即可;
(2)根据矩形的性质得出PE=QF,把PE和QF的值代入求出即可;
(3)由(2)求出x,再∠APQ=∠C,证△AQP∽△ABC相似,得出比例式,求出即可;
点评:本题主要考查对矩形的性质和判定,相似三角形的性质和判定等知识点的理解和掌握,能综合运用性质进行推理和计算是解此题的关键.