解:(1)∵F与B重合,且EF⊥DE,
∴DE⊥BC,
∵AD∥BC,∠B=90°,∴∠A=∠B=90°,
∴四边形ABED为矩形,
∴BE=AD=9,
∴CE=12-9=3.

(2)作DH⊥BC于H,
则DH=AB=7,CH=3.
设AF=CE=x,
∵F在线段AB上,
∴点E在线段BH上,CH=3,CE=x,
∴HE=x-3,BF=7-x,
∵∠BEF+90°+∠HED=180°,∠HDE+90°+∠HED=180°,
∴∠BEF=∠HDE,
又∵∠B=∠DHE=90°,
∴△BEF∽△HDE,
∴

,
∴

,
整理得x
2-22x+85=0,
(x-5)(x-17)=0,
∴x=5或17,
经检验,它们都是原方程的解,但x=17不合题意,舍去.
∴x=CE=5.
(3)作DH⊥BC于H,
∵AD∥BC,∠B=90°,AB=7,AD=9,BC=12,

CE=x,BF=y,
∴则HE=x-3,BF=y,
当3≤x≤12时,
易证△BEF∽△HDE,
∴

=

,
∴y=-

x
2+

x-

,
当0≤x<3,
易证△BEF∽△HDE,
则HE=3-x,BF=y,
∴

=

,
∴y=

x
2-

x+

,
∴y=

.
分析:(1)先证明四边形ABED为矩形,CE=BC-AD,继而即可求出答案;
(2)设AF=CE=x,则HE=x-3,BF=7-x,再通过证明△BEF∽△HDE,根据对应边成比例,然后代入求解即可;
(3)综合(1)(2)两种情况,然后代入求出解析式即可.
点评:本题考查直角梯形的知识,同时考查了矩形的判定与性质、相似三角形的判定与性质,是一道小的综合题,注意对这些知识的熟练掌握并灵活应用.