解:设x秒后,PQ=

cm,则BQ=2x,BP=6-x,
由题意得:BQ
2+BP
2=PQ
2,
∴

整理得:(5x-2)(x-2)=0,
解得:

∵BC=3cm,
∴x=2不合题意,舍去,
答:

秒后PQ=

cm;
(2)设a秒钟后,△BPQ的面积与四边形CQPA的面积相等,由题意得:

×2a×(6-a)=

×6×3-

×2a×(6-a),
解得:a=

,
∵BC=3cm,
∴a=

不合题意,舍去,
∴a=

.
答:

秒钟后,△BPQ的面积与四边形CQPA的面积相等.
分析:(1)设时间为x秒,依题意得BP=xcm,AP=(6-x)cm,BQ=2xcm,在Rt△BPQ中利用勾股定理列方程求解;
(2)设a秒钟后,△BPQ的面积与四边形CQPA的面积相等,依题意得BP=acm,AP=(6-a)cm,BQ=2acm,然后表示出△BQP的面积和四边形CQPA的面积,列出方程,即可解出答案.
点评:此题主要考查了一元二次方程的应用.以及勾股定理的应用.关键是根据题意表示出BP、BQ的长.