解:(1)∵抛物线y=ax
2-2ax+c(a≠0)经过点A(3,0),点C(0,4),
∴

,解得

,
∴抛物线的解析式为y=-

x
2+

x+4;
(2)设直线AC的解析式为y=kx+b,
∵A(3,0),点C(0,4),
∴

,解得

,
∴直线AC的解析式为y=-

x+4.
∵点M的横坐标为m,点M在AC上,
∴M点的坐标为(m,-

m+4),
∵点P的横坐标为m,点P在抛物线y=-

x
2+

x+4上,
∴点P的坐标为(m,-

m
2+

m+4),
∴PM=PE-ME=(-

m
2+

m+4)-(-

m+4)=-

m
2+4m,
即PM=-

m
2+4m(0<m<3);

(3)在(2)的条件下,连结PC,在CD上方的抛物线部分存在这样的点P,使得以P、C、F为顶点的三角形和△AEM相似.理由如下:
由题意,可得AE=3-m,EM=-

m+4,CF=m,PF=-

m
2+

m+4-4=-

m
2+

m.
若以P、C、F为顶点的三角形和△AEM相似,分两种情况:
①若△PFC∽△AEM,则PF:AE=FC:EM,
即(-

m
2+

m):(3-m)=m:(-

m+4),
∵m≠0且m≠3,
∴m=

.
∵△PFC∽△AEM,∴∠PCF=∠AME,
∵∠AME=∠CMF,∴∠PCF=∠CMF.
在直角△CMF中,∵∠CMF+∠MCF=90°,
∴∠PCF+∠MCF=90°,即∠PCM=90°,
∴△PCM为直角三角形;
②若△CFP∽△AEM,则CF:AE=PF:EM,
即m:(3-m)=(-

m
2+

m):(-

m+4),
∵m≠0且m≠3,
∴m=1.
∵△CFP∽△AEM,∴∠CPF=∠AME,
∵∠AME=∠CMF,∴∠CPF=∠CMF.
∴CP=CM,
∴△PCM为等腰三角形.
综上所述,存在这样的点P使△PFC与△AEM相似.此时m的值为

或1,△PCM为直角三角形或等腰三角形.
分析:(1)将A(3,0),C(0,4)代入y=ax
2-2ax+c,运用待定系数法即可求出抛物线的解析式;
(2)先根据A、C的坐标,用待定系数法求出直线AC的解析式,进而根据抛物线和直线AC的解析式分别表示出点P、点M的坐标,即可得到PM的长;
(3)由于∠PFC和∠AEM都是直角,F和E对应,则若以P、C、F为顶点的三角形和△AEM相似时,分两种情况进行讨论:①△PFC∽△AEM,②△CFP∽△AEM;可分别用含m的代数式表示出AE、EM、CF、PF的长,根据相似三角形对应边的比相等列出比例式,求出m的值,再根据相似三角形的性质,直角三角形、等腰三角形的判定判断出△PCM的形状.
点评:此题是二次函数的综合题,其中涉及到运用待定系数法求二次函数、一次函数的解析式,矩形的性质,相似三角形的判定和性质,直角三角形、等腰三角形的判定,难度适中.要注意的是当相似三角形的对应边和对应角不明确时,要分类讨论,以免漏解.