D
分析:①令x=-3,代入f(x+6)=f(x)+f(3),根据函数为偶函数,得到f(3)=0;
②将f(3)=0代入,得到f(x+6)=f(x),故f(x)是周期等于6的周期函数,再由f(x)是偶函数可得,x=-6是函数y=f(x)的图象的一条对称轴;
③根据偶函数f(x)在[0,3]上为增函数,且周期为6得到函数y=f(x)在[-9,-6]上为减函数;
④根据f(3)=0,周期为6,得到f(-9)=f(-3)=f(3)=f(9)=0,有四个零点.
解答:①令x=-3,则由f(x+6)=f(x)+f(3),函数y=f (x)在R上是偶函数,得f(3)=f(-3)+f(3)=2f(3),故f(3)=0,故①正确.
②由f(3)=0,可得:f(x+6)=f(x),故f(x)是周期等于6的周期函数.
由于f(x)为偶函数,y轴是对称轴,故直线x=-6也是函数y=f(x)的图象的一条对称轴,故②正确.
③因为当x
1,x
2∈[0,3],x
1≠x
2时,有

成立,故f(x)在[0,3]上为增函数,
又f(x)为偶函数,故在[-3,0]上为减函数,又周期为6.故在[-9,-6]上为减函数,故③错误.
④函数f(x)周期为6,故f(-9)=f(-3)=f(3)=f(9)=0,故y=f(x)在[-9,9]上有四个零点,故④正确.
故选 D.
点评:本题考查了抽象函数的单调性,奇偶性,周期性,综合性比较强,需熟练灵活掌握,属于基础题.