解:(1)f(x)=sin2x-acos2x,依题意,sin

-acos

=

,解得a=1;
(2)f(x)=

sin(2x-

),所以,函数的最小正周期是π,由 2kπ-

≤2x-

≤2kπ+

可得,

,故单调递增区间是[kπ-

,kπ+

],k∈Z.
(3)sin2θ-cos2θ=

(1),平方得2sin2θcos2θ=

,
而0<θ<

,sin2θ>0,cos2θ>0,所以 sin2θ+cos2θ=

(2).
联立(1)(2)解得cos2θ=

,2cos
2θ-1=

,∴cosθ=

.
分析:(1)根据f(x)=sin2x-acos2x,依题意可得sin

-acos

=

,解得a 的值.
(2)化简f(x)=

sin(2x-

),最小正周期是π,由 2kπ-

≤2x-

≤2kπ+

求得x的范围,即得递增区间.
(3)由条件可得sin2θ-cos2θ=

(1),平方得2sin2θcos2θ=

,故sin2θ>0,cos2θ>0,故sin2θ+cos2θ=(2),
联立(1)(2)解得cos2θ 的值,再由二倍角公式求出cosθ的值.
点评:本题考查正弦函数的周期性、单调性和值域,二倍角公式的应用,是一道中档题.