解:(1)设抛物线的解析式是:y=a(x+1)(x-3),
把(0,-3)代入得:-3=a(0+1)(0-3),
解得:a=1,
∴y=(x+1)(x-3)=x
2-2x-3=(x-1)
2-4,
∴D(1,-4),
答:抛物线的解析式是y=x
2-2x-3,顶点D的坐标是(1,-4).
(2)线段CM与线段BD之间的数量关系是CM=

BD.

证明:过M作MQ⊥x轴于Q,过D作DH⊥x轴于H,
∵D(1,-4),B(3,0),M为BD的中点,
∴MQ=2,HQ=1,
∴OQ=1+1=2,
∴M(2,-2),
由勾股定理得:BD=

=2

,
过M作MN⊥y轴于N,
则MN=PQ=2,CN=OC-MQ=3-2,
由勾股定理得:CM=

=

,

∵CM=

,BD=2

(已求出),
∴CM=

BD.
(3)坐标轴上存在点P,使得以P、A、C为顶点的三角形与△BCD相似,点P的坐标是(0,0),(0,

),(9,0).
分析:(1)设抛物线的解析式是:y=a(x+1)(x-3),把C的坐标代入求出即可;
(2)过M作MQ⊥X轴于Q,过D作DH⊥X轴于H,根据三角形的中位线求出M的坐标,根据勾股定理求出CM、BD即可;
(3)①当∠PAC=90°,②当∴APC=90°时,③当∠ACP=90°,根据相似三角形的性质得到比例式,代入求出即可.
点评:本题主要考查对用待定系数法求二次函数的解析式,二次函数的最值,相似三角形的性质和判定,三角形的中位线,勾股定理等知识点的理解和掌握,综合运用这些性质进行推理和计算是解此题的关键.