解:(1)∵正方形OABC的边OA、OC分别在x轴、y轴上,点B的坐标为(4,4),
∴C(0,4),
∵D是BC的中点,
∴D(2,4),
∵反比例函数y=

(x>0,k≠0)的图象经过点D,
∴k=8,
所以y=

(x>0);
(2)四边形PQEB是平行四边形,理由为:
当x=

时,得y=6,
∴PQ=6-4=2,
又当x=4时,得y=2,
∴E(4,2),
∴BE=2,
又PQ⊥BC,AB⊥BC,
所以BE平行且等于PQ,
∴四边形PQEB是平行四边形;
(3)存在点P,使△PQE的面积为6,设P(x,

),
①当P在直线BC的上方,即0<x<2时,
∴PQ=

,PQ=4-x,
又三角形PQE的面积为6=

(4-x)=6,
解得:x=1或x=8(舍去),
∴P(1,8);
②当P在直线BC的下方且在点E的左侧,即2<x<4时,
∴PQ=4-

,PQ=4-x,
又三角形PQE的面积为6=

(4-

)(4-x)=6,
得x
2-3x+8=0
∵△<0,次方程无实数根,
故点P不存在;
③
当P在直线BC的下方且在点E的右侧,即x>4时,
∴PQ=4-

,PQ=x-4,
又三角形PQE的面积为6=

(4-

)(x-4)=6,
解得:x=1(舍去)或x=8,
∴P(8,1);
综上,存在点P(1,8)或P(8,1),△PQE的面积为6;
分析:(1)根据正方形OABC的边OA、OC分别在x轴、y轴上,点B的坐标为(4,4)得到C(0,4),然后根据D是BC的中点,得到D(2,4),
最后反比例函数y=

(x>0,k≠0)的图象经过点D,求得k=8,从而得到反比例函数的解析式;
(2)根据当x=

时,得y=6,得到PQ=6-4=2,然后根据当x=4时,得y=2,得到E(4,2),结合又PQ⊥BC,AB⊥BC,证得四边形PQEB是平行四边形;
(3)设P(x,

),分当P在直线BC的上方,即0<x<2时、当P在直线BC的下方且在点E的左侧,即2<x<4时、当P在直线BC的下方且在点E的右侧,即x>4时三种情况分类讨论即可得到答案.
点评:本题考查了反比例函数的综合知识,难度较大,综合性较强,往往是中考的压轴题,应重点训练.