解:(1)∵DE⊥平面ABCD,∴DE⊥AC,∵ABCD是正方形,∴AC⊥BD,又DE∩BD=D,∴AC⊥平面BDE.
(2)∵DE⊥平面ABCD,∴∠EBD就是BE与平面ABCD所成的角,即∠EBD=60°.
∴

=

.由AD=3,得DE=3

,AF=

.
如图所示,分别以DA,DC,DE所在直线为x轴、y轴、z轴建立空间直角坐标系,则A(3,0,0),F(3,0,

),E(0,0,3

),B(3,3,0),C(0,3,0),

∴

=(0,-3,

),

=(3,0,-2

).
设平面BEF的法向量为n=(x,y,z),则

,即

.
令z=

,则n=(4,2,

).
∵AC⊥平面BDE,
∴

=(3,-3,0)为平面BDE的一个法向量,
∴cos〈n,

〉=

=

=

.
又二面角F-BE-D为锐角,故二面角F-BE-D的余弦值为

.
(3)依题意,设M(t,t,0)(0≤t≤3),则

=(t-3,t,0),
∴AM∥平面BEF,∴

·n=0,
即4(t-3)+2t=0,解得t=2.
∴点M的坐标为(2,2,0),此时

=


,
∴点M是线段BD上靠近B点的三等分点.